禽流感病毒（Avian influenza virus，AⅠV）主要在家禽与野鸟间发生流行和传播，偶有跨物种传播感染人。其中AⅠV H7N9 病毒的持续暴发引起了人们对于新型流感大流行的高度关注。早期研究发现H7N9 病毒是由野鸟H7、N9 亚型流感病毒与家禽H9N2 亚型流感病毒重配而来，经历了不断地进化和重配导致了诸多基因型的产生，并且在H7N9 病毒进化过程中某些基因型中基因突变的积累增强了病毒对哺乳动物宿主的适应性。为了消除H7N9 病毒的威胁，中国农业农村部于2017 年9 月启动了对家禽的强制疫苗接种，这一举措有效地控制了H7N9 疫情的持续蔓延。然而，H7N9 病毒还未从中国家禽群中被清除，依然能够在家禽体内持续监测到，这提示H7N9 病毒的发生风险仍不容忽视。

近期发表于《Frontiers in Microbiology》的研究论文报道了2013 年～2018 年中国报道的禽流感病毒（H7N9）的时空传播与进化。作者基于贝叶斯进化分析方法对已报道的2052 条H7N9 病毒的基因组序列进行时空演化分析，揭示了H7N9 病毒可能的起源。对现存H7N9 病毒重新划分基因型并描述了这些基因型表现出的不同时空分布特征。另外，建立了基于随机森林算法的适合H7N9 病毒发生风险预测模型。这些发现为全面认识H7N9 病毒的传播进化提供了新的见解，为消除人-禽感染H7N9 病毒的潜在风险奠定了理论基础，也为开展基于风险的病毒监测和预防提供了工具。

研究基于H7N9 病毒编码表面蛋白基因（HA 和NA）与内部基因PB2 核苷酸序列的贝叶斯时空演化分析，结果发现H7N9 病毒重配事件可能于2012 年8 月发生在安徽省与浙江省边界，这比首例人感染H7N9 病毒病例报道时间早了6 个多月，这也补充了早期研究对H7N9 病毒的溯源进展。随后病毒向我国西部、北部和南部地区扩散，在2013 年2 月底报告首例人感染病例之前，H7N9 病毒可能已经在安徽、江苏、上海和江苏等地存在并隐匿传播了较长时间，为引起H7N9 病毒的大范围暴发埋下了伏笔。为了进一步研究H7N9 病毒的时空进化，作者构建基于HA、NA 和PB2 基因的MCC 进化树，并根据遗传进化特征分别将HA、NA 和PB2 基因划分为4、3 和6 个基因亚群，统计各病毒基因亚群形成了24 个基因型。根据各病毒基因型的发生和持续时间，将所有基因型大致分为了3 个类群：持续进化类群（第一波次出现进化至第5 波次）、后期新进化类群（晚于第一波次出现进化至第5 波次）和早期进化终止类群（第一波次出现进化消失于第5 波次前）。另外分析各基因型的空间特征发现这些基因型形成了以长江三角洲和珠江三角洲为主体的两个明显的空间分布集群。研究采集了10 个H7N9 病毒远距离传播事件进行分析，结果发现导致这些远距离传播事件发生的病毒来源均为环境源或家禽源，并且这10 条路径的起始地几乎都位于活禽市场密度较高的地区，揭示H7N9 病毒远距离传播可能是通过家禽运输系统来实现的。研究最后建立了基于随机森林算法的H7N9 病毒发生风险预测模型，将月平均温度、人口密度、禽养殖密度、活禽市场数量和水密度指数等5个因素纳入到模型之中对中国全年发生H7N9病毒风险进行预测，结果表明中国东部和东南部部分地区风险较高且随月份发生变化，但值得注意的是长江三角洲和珠江三角洲地区全年均呈现高风险性。另外，与其他因素相比，人口密度可能是H7N9 病毒发生高风险的重要因素。该模型的建立为预测其他人畜共患病的风险提供了思路与支持。

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